Fungsi Pejabat Zon Selatan adalah seperti berikut:

1. Menjadi perantara pihak Jabatan dengan pihak berkepentingan termasuk penduduk setempat dan pemilik-pemilik tapak, objek Warisan dan Warisan Kebangsaan.
2. Melaksanakan kerja-kerja penyelenggaraan, pemantauan dan pembangunan tapak-tapak warisan yang telah diwartakan dibawah Akta Warisan Kebangsaan 2005.
3. Menjalankan penyelidikan dan penyebaran maklumat berkenaan warisan ketara dan tidak ketara untuk tujuan daftar inventori sebelum diangkat sebagai Warisan dan Warisan Kebangsaan.
4. Merancang dan melaksanakan program serta aktiviti pengembangan warisan dalam usaha memupuk kesedaran masyarakat untuk memelihara khazanah warisan negara.
5. Menyelaras operasi harian Galeri Warisan Kota Melaka termasuk mengadakan taklimat dan lawatan berpandu.
6. Memantau, memelihara dan mempromosikan Tapak Warisan Dunia Melaka.
7. Membantu kerja-kerja konservasi dan kerja penyelidikan arkeologi yang dijalankan di peringkat zon selatan.