Bahagian Konservasi berperanan memastikan prinsip konservasi yang merangkumi kerja pemeliharaan, pembaikpulihan, pembinaan semula, pemulihan, penyesuaigunaan dan pendekatan konservasi lain-lain diamalkan berdasarkan kaedah yang diiktiraf pada peringkat antarabangsa seperti United Nations Education, Scientific and Cultural Organization (UNESCO) dan piagam bawah International Council on Monuments and Sites (ICOMOS) seperti Piagam Burra, Piagam Australia 1999 (Charter for the Conservation of Places of Cultural Significance). Ini bagi memastikan ianya selaras dengan kehendak Akta Warisan Kebangsaan 2005 (Akta 645) dan Garis Panduan Pemuliharaan Bangunan Warisan.

Bahagian Konservasi dibahagikan kepada tiga (3) cawangan utama iaitu Cawangan Kajian Pemuliharaan, Cawangan Pemuliharaan Bangunan dan Cawangan Pelan Pengurusan Pemuliharaan Bangunan. Bahagian ini bertanggungjawab memastikan pematuhan kepada aspek teknikal kerja pemuliharaan dengan menjalankan kajian kerosakan pada sesebuah bangunan serta mencadangkan fizikal bangunan. Bahagian Konservasi juga melakukan kajian kerja pembaikan yang perlu dilakukan. Pelaksanaan kajian merangkumi penyediaan pelan lakaran bangunan bagi tujuan pemetaan kerosakan, mengenal pasti punca kerosakan dan seterusnya mencadangkan kaedah pembaikan.

Bahagian Konservasi turut bertanggungjawab mengawal selia pelaksanaan projek konservasi yang dijalankan oleh Jabatan Warisan Negara dan memberi khidmat nasihat bagi kerja konservasi yang dijalankan oleh agensi lain. Bahagian ini turut bertindak sebagai urusetia dalam penyediaan dokumen Pelan Pengurusan Pemuliharaan bagi bangunan yang telah diwartakan bawah Akta Warisan Kebangsaan 2005. Dokumen ini merupakan dokumen rujukan bagi aktiviti pembangunan, pengurusan dan penyenggaraan sesebuah bangunan warisan yang terlibat.

Selaras dengan visi dan misi Jabatan, Bahagian ini turut menjalankan aktiviti penyebaran dan perkongsian ilmu pemuliharaan bangunan warisan kepada masyarakat umum melalui penganjuran bengkel dan kursus.