Kubu Margherita di bina pada 1878 dan siap pada tahun 1879 dengan jumlah kos 8,100 Dolar Spanish. Terletak di atas tebing Sungai Sarawak mengadap Pekan Kuching berhampiran kediaman Brooks. Tempat ini dikelilingi oleh Kampung Melayu. Kubu ini dinamakan 'Fort Margherita' bersempena nama isteri Charles Brook, Rajah kedua Sarawak iaitu Ranee Margaret.. Dengan kedudukan yang strategik di atas bukit mengadap lencongan Sungai Sarawak, kubu ini berperanan sebagai tempat pertahanan utama Rajah Brooke yang menghadapi tentangan berterusan dari penduduk pribumi.
Pada tahun 1932, kubu ini pernah dijadikan sebagai pusat Renjer Sarawak. Pada asalnya iaitu sebelum tahun 1934 hanya terdapat bilik tahanan tetapi telah ditambah menjadi kubu. Kubu ini juga pernah dijadikan sebagai pengkalan bagi tentera Jepun pada tahun 1941. memandangkan bangunan ini mempunyai nilai sejarah yang tinggi, pada tahun 1971 kubu ini telah disenaraikan sebagai Bangunan Bersejarah Sarawak di bawah Antiquities Ordinance (Ordinan Warisan Bandaraya Sarawak, 1993).
Kubu ini berbentuk bangunan segi empat dibina dari batu-bata berplaster. Ia mempunyai 3 tingkat iaitu tingkat bawah berlantai tanah untuk kawalan dan bilik tahanan. Tingkat 1 dan 2 berlantai kayu belian untuk ruang kediaman tentera. Manakala bahagian bumbung merupakan tempat kawalan. Tangga putar (spiral staircase) daripada kayu belian dan bertiang besi terletak disatu penjuru menghubungkan setiap aras sehingga ke bumbung. Menara tangga ini lebih tinggi dari bumbung untuk pengawal meninjau jarak yang lebih jauh.
Akibat serangan yang lebih hebat dari penduduk pribumi, kubu ini telah diperbesar pada tahun 1934 dengan membina tembok tinggi yang bersambung dengan bangunan asal. Bangunan ini mempunyai halaman salam yang luas untuk perbarisan tentera. Ia dilengkapi dengan dua menara tinjau dan laluan untuk tentera berkawal pada sepanjang tembok. Lubang-lubang meriam dibina pada tembok menghala Sungai Sarawak dan perkampungan Melayu di bawah bukit.
Kubu ini dijadikan pengkalan Renjer Sarawak ada tahun 1932, Pejabat Kampetai Jepun sewaktu Perang Dunia ke-2 dan terakhir sebagai Muzium Polis. Jabatan Warisan Negara telah membuat kerja pembaikan pada tahun 2006. Walau bagaimanapun, ia mengalami kerosakan setelah dikosongkan oleh Polis sewaktu projek pembinaan bangunan baru Dewan Undangan Negeri Sawarak bersebelahan kubu ini. Konservasi kubu ini merupakan salah satu projek utama Jabatan Warisan Negara pada tahun 2011-2012 di bawah Program Rancangan Malaysia ke-10.
